Trac a été installé avec par paquet Debian en utilisant un dépot de backports etch. Donc Trac est mis à jour automatiquement via les apt-get upgrade. L'installation du paquet dégage les modifs que j'ai faites et la charte graphique intitale réapparait.

Du coup, après chaque mise à jour il faut taper :

cd /usr/share/trac/templates
sudo mv header.cs header.cs.orig
sudo ln -s header.cs.pgfr header.cs

La charte graphique pgfr sera de retour.